通过胡惟庸一案，朱元璋铲除了开国文臣，随即他把目标对准了武将。那时，徐达、李文忠等已死，领兵大将是冯胜、傅友德、蓝玉三人。蓝玉是朱元璋的得力干将，朱元璋曾经把他比作卫青。然而朱元璋还是对他举起了屠刀，洪武二十六年，朱元璋以谋反罪将蓝玉处以磔刑，牵连十三侯、二伯，先后诛杀20000 余人，军中为之一空。蓝玉被冤杀后，王弼对傅友德说：帝晚岁峻诛杀，我辈几无噍类矣。结果，谈话被锦衣卫侦知，王弼被赐死。随即朱元璋又把最后两员大将冯胜和傅友德也给杀了。开国第一大将中山王徐达"不矜不伐，妇女无所爱，财宝无所取，中正无疵，昭明乎日月，大将军一人而已"，一直非常谨慎，病死于洪武十八年。但至今一直有人认为徐达是被朱元璋毒杀的。徐达患病不能吃蒸物，朱元璋知道后故意赐给徐达吃蒸鹅。徐达知道朱元璋之意，含泪进食，很快疽发身死。
功臣中唯一得以保全性命的仅仅汤和、沐英。汤和虽心直口快，但是个聪明人，既知朱元璋要诛尽功臣，乃自解兵权，谦卑恭顺，终得以安死枕上。而沐英得以世领云南，也是因为朱元璋需要一个懂得领兵打仗之人应付西南军务。
由于滥杀，清代学者赵翼说朱元璋"借诸功臣以取天下，及天下既定，即尽举取天下之人而尽杀之，其残忍实千古所未有。"此言非谬也!
