这三百年的大瘟疫，在人口密度较高之处造成大量死亡。后来，因为蒙古大帝国，与东方的交通，不论陆路还是海运，都比较顺畅，疾病又经过海道和商路，扩散蔓延。东方本来没有黑死病，经过这一次大瘟疫，死者无数。总的数字，无法计算。只是从总人口数字上来看，将宋、明人口，以及同时代本来属于辽、金、蒙古地区的人口，前后比较，北宋总人口最多时，加上契丹人口，总数已经超过一亿。明代据有的中国，在开国时，大约只有六七千万，总数减少了三分之一以上。
经过辽、金、元三个时代，至少有三次，中国北方不断的战乱，逼迫许多中原和北方的人口，逐步移向南方。以变化最激烈的靖康年代，以及后来的南宋，一百多年来，南方人口增加数字，不只二三倍;淮河以北的人口，即使加上征服者迁移进来的族群，总人口和南方相比，大概只有南方的三分之一左右。人口中心的转移，在辽、金、元时代，造成了南方一面倒的情势，南方人口密度远高于北方。这些内部迁移的汉人，也使人口结构，呈现完全不同的形态。如前所述，北宋极盛时，人口大概已经超过一亿，在忽必烈征服南宋时，南宋人口可能只有七八千万，北方则不过二三千万而已，南北比差，从此不再逆转。中国南北人口成分经过这一次混合，再加上新人口的进入，造成了与过去完全不一样的人口结构。如果调查人类基因，重建中国人口南北差别，必须理解，凡此差异，乃是这次人口大规模移徙的基础上，造成基因分布状况的剧烈变化。
