而即使都以旗舰店的形式入驻，各家航空公司与去哪儿网的合作模式也不一样。比如有的航空公司不向去哪儿网缴纳任何费用，只将高舱位的机票通过平台销售，有的则以缴纳千分之几的"技术服务费"的形式，旗舰店链接到本公司的官网，销售政策与官网相同。
不同的合作模式，其实反映了不同公司对待平台的态度和话语权倾斜程度。有的重视销售结果、完全开放；有的则担心未来的销售渠道被控制，合作也是亦步亦趋。
此后兴起的阿里旅行其实也是类似的模式。对于去哪儿、去啊等平台来说，与获得一两个点的代理费佣金相比，从各种票代、航空公司处获得更优惠的价格政策和更多丰富的产品，以增加客户黏性，获得更多流量和入口话语权，似乎是他们更想要的，即使现在看起来是在"赔钱为他人作嫁衣"。
