上述这些高度集成化的系统，使得轰-6K也不再像轰-6系列其他型号那样需要6名机组成员去操作，所以轰-6K的机组缩减到3人，也就是正副驾驶员与武器控制员。为了更好的运用这些先进系统，轰-6K的座舱较之前的轰-6系列也发生了脱胎换骨的变化，飞行员面前不再是传统仪表，而是6个大尺寸显示器，使得飞行员可以更加直观的去了解飞机的飞行参数、导航信息以及各个机载系统的状态，武器控制员也有先进的显控台来操作飞机的火控系统以及所搭载弹药。
轰-6K的弹射救生系统也经过了重新设计，机组成员在弹射救生时按照顺序依次以一定间隔向上弹射，极大地增加了弹射救生的成功率，为机组在飞机遇险时保证生命安全增加了一道保障。
