电子对抗系统方面，轰-6K安装了导弹告警系统、雷达告警系统、综合电子战系统以及热焰/箔条弹抛射器，这些系统构成一个完整的电子对抗系统，能够探测敌方雷达照射、导弹来袭，并向机组发出告警，同时自动执行相应的主被动防御干扰程序，提升了轰-6K的战场生存能力。
通信系统方面，除了传统的电台，轰-6K还安装了卫星通信系统与数据链系统，可以通过其他平台获取战场情报，拥有极佳的战场态势感知能力。
