尽管在推动足球发展上成绩斐然，但足球界毕竟是一个盛产丑闻与黑幕的地方。布拉特也难免多次受到外界指责。2001年，由于世界杯大赞助商ISL破产，布拉特受到了质疑，来自欧洲足联主席约翰松等人的批评差点将他掀翻。好在第三世界国家的支持使他化险为夷，暂时渡过了难关。
