两岸关系中台湾当局对台湾地区的管辖权(治权)问题，也是清楚的。即台湾当局拥有并有效行使着对台湾地区的管辖权。对此，大陆方面应当予以承认。这并不会造成"一中一台"或"两个中国"。此处法律意义上的管辖权，涵盖一切有关制定与适用法律的活动，并且不仅涉及政府的司法部门，也涉及立法与行政部门。它包含管辖权的三个要素：制定法律的管辖权、裁判的管辖权与执行的管辖权。台湾当局对台湾地区的管辖权是历史形成的。
自1911年"中华民国"建立到1949年，"中华民国"政府就一直有效地行使着中国的主权，是得到国际社会普遍承认的代表中国的合法政府，并参与了联合国的创立，其管辖领域及于包括台湾地区在内的全部中国领土。1949年迁至台湾地区后，它在大陆地区丧失了政治合法性和法律管辖权的同时，在其实际控制的台湾地区却依然延续行使着它原有的管辖权。
