但在政务上，马是台湾2300万人选出的领导人，只要在位一天即握有政军大权。朱立伦要做到党组织上"不顾虑府院的意见"，在党政难以分家的情况下，无异是要让马英九"虚位化"，现实上冲突难免。迎面而来的难题便是"立法院"运作，
以前马英九透过高层"五人小组"整合"府院党"，把决策深入"立法院"，接下去蓝军"立委"推法案是听马英九的，还是朱立伦的?现行"五人小组"运作在1月17日朱立伦当选新任国民党主席的第一天起，立马受到考验。
