选举揭晓后，身兼中国国民党主席的总统马英九晚间率副主席吴敦义、洪秀柱、黄敏惠、副主席兼秘书长曾永权及党务一级主管，在中央党部召开记者会，向支持者表示歉意说："我们让大家失望了"。
马英九说，九合一选举国民党遭遇极大挫败，他必须向所有党员、支持者表示歉意。此刻他的责任是尽快提出改革方案，响应人民要求，不会回避责任。台北市长选战，无党籍的柯文哲以二十多万票的差距击败了国民党候选人连胜文。
