除了谈经济，马英九还在访问巴拿马时谈到了"中华民国"的"主权"问题。他称，"中华民国"从1912年建国到现在将近有103年的历史，一直都是"主权独立的国家"，任何一个"主权独立国家"都没有宣布第二次独立的必要。
台湾媒体报道说，韩国是台湾地区的主要竞争对手，特别是占台出口大宗的面板、石化、工具机、汽车等4大产业，也是韩国最想要向大陆争取降税的项目。今年3月至4月，台湾掀起"反服贸"运动。观察者网搜索商务部数据，2014年1-5月，大陆与台湾贸易额为762.9亿美元，同比下降12.2%，按此计算，2014年两岸贸易额为1831亿美元--这个数字约为去年中韩贸易额的2/3。
