两岸在南海问题上最有合作的空间，其一是台湾掌控的太平岛是南海锁钥，其距高雄海军基地1600多公里，台湾要有效防卫太平岛是鞭长莫及，但如果两岸合作，则太平岛转危为安。其二是两岸均以"九段线"为其南海的疆界线，而菲律宾向国际海洋法庭提出仲裁案的争议点便是"九段线"。
1947年，当时中华民国政府内政部方域司在其编绘出版的《南海诸岛位置图》中，标绘了一条由十一段断续线组成的疆界线。中华人民共和国成立后，也沿用这条线来划定南海国界，只是在1953年放弃了北部湾的两段，改成现在的"九段线"。
