艇上搭载的反舰导弹有台湾自行设计建造。其中"雄风"-3弹长6.1米，重1.5吨，战斗部重181千克，航速2300千米/小时，最大射程130千米。导弹采用惯性和GPS制导，当接近目标后，弹上其它多个传感器锁定目标直至击中目标。与其相比，"雄风"-2型反舰导弹采用的制导系统相对落后，导弹为亚音速飞行，射程160千米，弹重为"雄风"-3的一半。
