日本一直害怕大陆和台湾在尖阁诸岛/钓鱼岛主权争议上联手。北京反复提醒台北，挑战日本人对有争议岛屿的主权是"中国人的共同目标"。事实上，台湾在经济上对大陆的依赖日深，而尽管马英九政府的官方立场，是在主权争议课题不同大陆合作，其政府有时候却显示了它支持这样的做法--比如上述允许台湾渔夫侵入有争议岛屿附近海域的事件。
根据来自日本的消息，台湾日益倾向大陆让美国和日本都感到忧心忡忡--美国甚至介入并施压，让日本和台湾达成协议，希望能够防止台湾进一步向大陆靠拢。
最终的捕鱼协议事实上是双方的一种妥协，而日本似乎比台湾做出更多的让步。
