官员转述，马英九最近在相关场合发表谈话曾提及，目前"海巡署"共有162艘20吨以上的船舰，在他卸任之前还会再增加20艘船舰，海巡护渔能力将可大幅增强，"渔民在哪里，'海巡署'就在哪里"。
目前"海巡署"下辖"岸巡"与"洋巡"两个"总局"，并在台湾各地设置有海巡队、总、大队、安检所、岸际雷达站，还包含远在东、南沙指挥部的驻地，形成海岸巡护网。官员表示，马英九至为关切海巡执行"保疆护渔"的工作成效。
