自1949年国民党当局退守台湾后，马祖即成立"守备区指挥部"，隶属"台湾警备司令部"，从此这里就和两岸军事斗争密不可分。"马防部"的驻地为福建省连江县南竿乡，下辖"北高地区指挥部"(驻地为连江县北竿乡，简称"北指部")及"莒光地区指挥部"("莒指部")。
