台湾政治大学学者蔡增家分析称，彭佳屿的战略地位非常重要，它与邻近的钓鱼岛互为犄角，控制着东海广大的大陆架。马英九若登上彭佳屿并贴近航空识别区的举动，可以让日本了解台湾当局是以渐进方式来处理钓鱼岛问题，同时也表明台湾对钓鱼岛寸土不让的决心;在国际宣传层面，马英九登上彭佳屿是以不踩红线的方式，向外界宣示对钓鱼岛的"主权"，也让外界了解他提出的"东海和平倡议"并非只是空话，而是有坚强的行动作后盾。
但台湾《联合报》建议，马英九应以维持"访视离岛"的说法为宜，不必与钓鱼岛联结，否则可能出现见仁见智的解读，正面看法是：这将是"中华民国总统距钓鱼台最近的一次";而负面的看法是：横竖反正都不是直接登上钓鱼岛。《中国时报》6日评论称，台湾内部蓝绿意识形态对立的"日本观"直接投射在不同的保钓主张中，使本应一致对外的保钓运动成为蓝绿内政战线的延伸，助长日本染指钓鱼岛的野心。因此，民进党不应一味对马英九的保钓政策冷嘲热讽，朝野应共谋捍卫"主权"之策,只有一致对外，才能让国际社会听清台湾对东海、南海岛屿的"主权"论述。
