对此，日本首相官邸提高了对中国船只的应对级别，把设在危机管理中心的情报联络室升级为首相官邸的对策室。据共同社报道，25日上午，日本外务省事务次官河相周夫通过电话向中国驻日本大使程永华提出了强烈抗议，要求中国海监船尽快离开。程永华大使重申钓鱼岛是中国的领土，相关海域是中国领海和管辖海域，中国海监船系进行正常维权巡航公务活动，中方不接受日方交涉，要求日方立即停止对中国海监船公务活动的干扰。
