一个月后，毛泽东又指示林彪确立两个"决心"，即"确立攻占锦(州)、榆(关)(山海关)、唐(山)三点并全部控制该线的决心"，"确立打你们前所未有的大歼灭战的决心"。林彪则在攻打锦州还是攻打长春问题上多次犹豫、反复，毛泽东于10月3日连发两份措辞严厉的电报予以批评，其中17时电称："在五个月前(即四、五月间)，长春之敌本来好打，你们不敢打；在两个月前(即七月间)，长春之敌同样好打，你们又不敢打。现在攻锦部署业已完毕，锦西、滦县线之第八第九两军亦已调走，你们却因新五军从山海关、九十五师从天津调至葫芦岛一项并不很大的敌情变化，又不敢打锦州，又想回去打长春，我们认为这是很不妥当的。"10月4日，毛泽东又致电林彪："你们决定以4纵和11纵全部及热河两个独立师对付锦西、葫芦岛方面之敌，以1、2、3、7、8、9共六个纵队攻锦州，以5、6、10、12共四个纵队对付沈阳援锦之敌，以九个独立师对付长春之敌，这是完全正确的。你们这样做，方才算是把作战重点放在锦州、锦西方面，纠正了过去长时间内南北平分兵力没有重点的错误(回头打长春那更是绝大的错误想法，因为你们很快就放弃了此项想法，故在事实上未生影响)。我们过去一个月中曾有多次电报叫你们如此做，你们到现在才想通这一重要点，不是平分兵力，而是以主力放在两锦方面。虽然在时间上应当一开始就如此做，从你们部队开始行动起到今天差不多已有一个月之久，你们才把攻击重点问题弄清楚，重新增加两个纵队到两锦方面去，可能对于作战要受一些影响(是否有影响及影响之大小，要看作战结果如何才能定)，但是平分兵力的错误算是纠正了。从这件事你们应取得两个教训：第一个教训是，你们的指挥所应先于部队移动到达所欲攻击的方向去(这一点我们在很早就向你们指出了)，由于你们没有这样做，致使你们的眼光长期受到限制；第二个教训是，在通常的情况下必须集中主力攻击一点，而不要平分兵力。"此后，林彪才率军于10月5日至15日攻克锦州。东北野战军副政委陈云在1983年8月9日的一次谈话中指出："如果按照林彪的打法，主力围困长春不得南下，以后占领了义县又不打锦州，而要回师长春，那就不会有辽沈战役，东北的胜利就不可能来得这么大，这么快。"
辽沈战役后期，毛泽东一再强调要求林彪控制营口，但林彪被杜聿明的"声东击西"之计所迷惑，没有及时控制该地，使国民党军撤走了万余人，显得美中不足，令毛泽东感到遗憾。
营口位于辽河口，是廖耀湘兵团和沈阳国民党军从海上撤退的唯一港口。攻克锦州，封死了国民党军从陆上逃走的可能，而海上大门还没有关上，国民党军有可能抢占先机，占领营口，掩护其大军从海上顺利退走，使毛泽东封闭蒋军于东北予以全歼的战略计划落空。因此，早在锦州攻克后第三天，毛泽东即告诉林彪："我们所担心的是沈敌从营口撤退，向华中增援。""提议在日内长春解决后……攻长各纵及几个独立师应迅速全部南下，位于沈阳、营口之间……并须以一个纵队控制营口，构筑坚守阵地，阻绝海上与陆地的联系。"10月19日16时，毛泽东又指示："你们仍应考虑部署有力兵团于营口有其西北与东北地区，以免在蒋、卫采取从营口撤退时，你们措手不及。""此点望你们充分注意。""蒋介石在天津集中五万吨的船只，准备从营口撤兵的情报是相当确实的。"以后，毛泽东又三番五次要求林彪及时控制营口。
