在经费困难的情况下，蒋想到了古代"兵农合一"的方式：实行"退伍军人征田安置政策"，他认为，"如果能成事实，则整军与限田同时并行，一举两得矣"。《蒋介石日记》（手稿本），1952年1月26日"上星期反省录"。通过给士兵"授田"来满足其基本的要求。1952年，蒋又在经济稍得喘息后，首先给士兵加薪。"士兵增加饷项已于本月实施，而官长薪饷以预算无着未能增加，因之更加强士兵之士气，此为数年来最关心之要务，而今幸得实现。"《蒋介石日记》（手稿本），1952年9月30日"上月反省录"。1952年后，台湾当局规定所有专科与大学毕业生，"一律皆入军官学校受训一年，取得预备军官资格以后方给毕业文凭"。这一制度的实行，改善了基层军官的素质，扩大了兵源。
在被迫退出海南岛与浙江定海等地之后，蒋介石将所有军队的战线收缩到台湾、澎湖等处，并将部队缩编整编，至1952年10月底完成，把原有的31个师压缩成21个师，并成立4个师管区。同时，对中下级军官实行来回培训，对高级军官，尤其是心怀二志的杂牌军官进行了清理。蒋签发了两项命令：对逃亡海外将官不归的一律"免官除役令"，对陈诚等已经不在军队担任职务的官员"退役令"。蒋事后总结道："国军官籍整理之原则实施，所有高级军官未随政府来台及散居国外者，一律免官除役之发表，李宗仁、张发奎、熊式辉等均一律在内，此举实与党员全国大会淘汰腐劣中委之性质同一重要也，实为整党整军最重要之步骤也。"《蒋介石日记》（手稿本），1952年12月31日"上月反省录"。确实，部队整编与高级军官的"官籍整理"，使得军队更"职业化"，军官更忠诚，蒋介石更易控制。
对于整理军事的成果，蒋介石在1950年底与1952年底均有认真总结，现将其日记中的相关内容录于下，可见其在两年间的"进步"：
1950年底，蒋介石写道：
关于军事之整理，收效各点：甲、政治部制之建立；乙、人事之统一；丙、缺额之清理；丁、补给到团经理之改制；戊、军官保险制实施；已、兵额之核实；庚、发饷之定期；辛、分配菜田，补充副食物；壬、军官训练团之成立，教育制度之改正；癸、四次联合演习之亲临主持，定海大撤军，总校阅之实施，军官学校之重建，此实皆为整军奏效之因事也。《蒋介石日记》（手稿本），"三十九（1950）年工作反省录"。
