通过上述命令，强调了"总统"对三军的统帅权，旨在加强蒋介石对各部队的直接控制，同时，也明确划分了军令与军政两系统，尤其是这两系统的首脑"参谋总长"与"国防部长"的职权，凡有关"国防"建设、军事行政部门等统由"国防部长"负责，而有关陆海空作战计划及指导等属于军事指挥部门之职权，统由"参谋总长"负责。
在经过上述军事机构调整后，蒋介石以"总统"名义发布了一系列任免命令，更换各主要军事部门的领导人。3月17日，蒋介石发布命令，任命周至柔为"参谋总长"，仍兼"空军总司令"，孙立人为"陆军总司令"，免去顾祝同的"参谋总长"、关麟征的"陆军总司令"职务。《中央日报》，1950年3月18日。3月23日、25日，台北又公布两批任免名单，任命蒋经国为"国防部总政治部主任"，袁守谦为"国防部政务次长"，董毅肃为"参谋次长"，黄镇球为"联勤总司令"，郑介民、宋锷为"国防部参谋次长"。同时，蒋介石对"总统府"内的有关军事人员进行调配，"参军长"刘士毅、"侍卫长"李宇清被免职，一大批中将级的"参军"如张鹤龄、刘诚之、黎铁汉、萧勃、汤家威、徐会之、杜从成、毕书文、龙绳组等也失宠去职。
大陆时期，国民党兵多将广，但派系林立，有些将领还挟兵自重，不买蒋介石的账，蒋能控制的只有黄埔系的军官。退到台湾后，地方派系首领普遍失去了军队，再加上台、澎、金、马地域十分有限，倒为蒋介石剥夺杂牌军将领们的军权、直接全面控制军队提供了客观条件。经过这次改组，老将们及杂牌军首领被清除殆尽，三军高级将领几乎是清一色的黄埔系。例如，"参谋总长"兼"空军总司令"周至柔（1899 1986），是蒋介石的浙江老乡（临海人），前妻毛福海的姨甥；保定军校第八期步兵科毕业，后任黄埔军校教官，跟随蒋介石参加北伐、"剿共"战争；1933年被蒋介石派往欧美考察空军教育，回国后任中央航空学校教育长、航空委员会主任；抗战时期任空军前敌司令部指挥官、蒋介石侍从室第一厅厅长，并作为顾问陪同蒋介石出席开罗会议，1946年出任国民党军空军总司令。《台湾历史辞典》，第324页。周至柔不但与蒋介石关系密切，而且是宋美龄在航空界的主要代表，是陈诚保定军校的同学，十八军的老搭档。由此，蒋介石对军队的控制达到了前所未有的程度。惟一的例外，是之前一向被冷落、非黄埔系的孙立人被任命为"陆军总司令"的要职。
