1946年夏天，杨靖也随着政府从重庆迁回南京，在国防部秘书室担任书记，主要职责是管理书信往来。在杨靖的记忆中，部长白崇禧非常威严，"我那时候职位低，军衔也只是上尉，见到他连话都不敢讲。"
国防部长虽然是虚职一个，但白崇禧是军事战略家，下面的一些将领常常会与他书信讨论军事问题。杨靖记得，当时荣誉二师师长戴坚经常写信向白崇禧请教。接到来信后，杨靖负责起草回信。一笔一画写好，连同来信一起交给白崇禧。白崇禧看后，有时候会批示"阅"，这表示来信与回信都可就此收起，不必回复对方。如果白崇禧批示"可"，就表示可将回信寄送对方。做过多年书记工作的杨靖，对白崇禧的"可"字印象很深："那时，别人批示文件，表示认可，都批'行'字。他的'可'字显得很特别，而且字写得就像一只仙鹤，很漂亮。"
跟随李宗仁南撤，试图劝说李宗仁留在大陆
李宗仁和白崇禧被认为是桂系的首领，蒋介石向来对二人提防有加，总要将他们分开两地，以免两人联合起来对自己不利。白崇禧任国防部长时长驻南京，李宗仁则被蒋介石"放逐"到北京（时称北平），担任北平行营主任。按照当时的组织章程，北平行营直辖两个战区，包括五省三市。辖内一切党政军的成员都得听行营主任的命令行事。然而，实际上，李宗仁手中没有丝毫调兵遣将、控驭下属的权力。李宗仁在后来的自传中，曾形容自己当时的尴尬处境是"上不沾天，下不着地"。
1948年3月国民党中央召开第一届"行宪国大"，选举正副总统。李宗仁决意参选，角逐副总统。4月底，选举揭晓，突破各种阻力的李宗仁顺利当选副总统，从北平回到南京。本着一贯的策略，蒋介石免去白崇禧的国防部长职务，调任华中"剿匪"总司令专职，再次将李宗仁与白崇禧分开。
白崇禧离开南京前，杨靖已经调往联勤总部秘书处。那时候，政局混乱，朝令夕改，但杨靖靠着自己的一手好字，一直认认真真做着分内的工作。
