他在给中央复信中从四个方面阐明了红军不宜分散的理由，并坦率地指出："中央要求我们将部队分得很小，散向农村中，朱、毛离开部队，隐匿大的目标，目的在于保存红军和发动群众，这是一种不切实际的想法。"毛泽东说服中央收回成命，但红四军中开始产生分歧。
一部分本来就主张分兵游击、不愿做根据地艰苦工作的干部借题发挥，认为毛泽东不服从党中央的决定，要求毛泽东只管党务，不要管军事。这种分歧还因前委与军委的关系问题而进一步复杂化。
在朱毛会师以后，在红四军中前委与军委一直并存，军委置于前委领导之下，以确保党对军队的绝对领导。1929年1月，毛泽东、朱德、陈毅等率领红四军离开井冈山，向赣南、闽西进军。
在行军途中，敌人围追堵截，山道崎岖险峻，形势复杂多变，为应付突发事变，红四军决定军委停止办公，将权力集中到前委，由毛泽东任前委书记。到了1929年5 月，随着赣南、闽西根据地的开辟和党务、政务、军务、群众工作的展开，前委工作繁重，难以兼顾军委工作，遂决定军委恢复办公，并由新到红四军工作的刘安恭任军委书记，并接替毛泽东的政治部主任职务。
刘安恭是从苏联学成归来的年轻干部，虽然具有指挥经验和军事才能，后来又在战争中英勇牺牲，但他在红四军中却起了很不好的作用。他生搬硬套苏联红军的一些做法，推行首长负责制，认为前委代替包办了军委的工作，党代表权力过大。在他的主持下，临时军委会议作出决定：前委只讨论红四军的行动问题，不要管军队的其他事情。这就限制了上级党委--前委的领导权，实质上是限制了党对红军的领导。
朱毛对刘安恭的做法表示了不同的态度。朱德表示赞同，他认为军委与前委分清彼此的职权范围，有利于工作的开展；毛泽东坚决反对，他认为这不是简单地分权问题，而是从根本危及党对红军的领导、关系到民主集中制和根据地建设的重大原则问题。朱毛两人的对立态度导致争论进一步升级，使红四军高层领导分歧公开化。
