1956年1月全国大城市和50多个中等城市的资本主义工商业全部公私合营，出现了过快、过急所带来的问题。为此，1月20日，陈云提出：批准公私合营之后，需要一步一步地落实那些措施，他要求观察、研究解决公私合营后东来顺的涮羊肉和全聚德的烤鸭不好吃了的问题。毛泽东非常重视陈云的意见。1月25日，在第六次最高国务会议上，毛泽东专门请陈云讲一讲公私合营后发生的东来顺涮羊肉、全聚德烤鸭不好吃的情况。陈云不仅分析了此类问题发生的原因，而且为研究解决此类问题做出了极大的努力。
新中国成立之初，可以说是人口大国、经济小国。当时粮食供需的缺口越来越大。
为解决这个问题，陈云设想了多种方案，经过反复比较，最后选择了粮食统购统销的办法。1953年10月1日晚上在天安门城楼会见厅里，陈云向毛泽东汇报粮食征购与配售的办法时，得到毛泽东赞许。毛泽东嘱陈云代中央起草《关于召开全国粮食紧急会议的通知》。10月2日凌晨，毛泽东审改了陈云起草的通知，并决定于当晚7时召开政治局扩大会议讨论，首先由陈云作关于粮食问题的报告。陈云报告后，毛泽东在会上作结论，"赞成陈云同志的报告"。他说："这也是要打一仗，一面对出粮的，一面是对吃粮的，不能打无准备之仗，要充分准备，紧急动员。"毛泽东还联系过渡时期的总路线谈到粮食征购的必要性，指出："我们经济的主体是国营经济，有两个翅膀，一翼是国家资本主义(对私人资本主义的改造)，一翼是互助合作、粮食征购(对农民的改造)。"
在中共七届七中全会第三次会议上，陈云同刘少奇、周恩来、朱德一起被推举为中共中央副主席的候选人，毛泽东对陈云评价道："至于陈云同志，他也无非是说不行、不顺。我看他这个人是个好人，他比较公道、能干，比较稳当，他看问题有眼光。我过去还有些不了解他，进北京以后这几年，我跟他共事，我更加了解他了。
