而后便开始认真考虑自己的后事了，首先他为自己挑选了墓地。章太炎认为刘伯温是"攘夷匡夏之人"，而自己致力于推翻清朝统治，和刘伯温志向相同，希望自己死后能与刘地下为邻，以示敬仰。便写信给青田人杜志远，托他与刘伯温的后代商量，表达自己葬在青田刘伯温墓旁的愿望，后来，刘的后人同意了章太炎的请求。
太炎先生为自己选定了墓地后，便泰然手书"章太炎之墓"五个字，打算死后刻在自己的墓碑上，写完后寄给杜志远，便了无遗憾，只求"速死"了。
幸运的是，不久袁世凯称帝失败，太炎先生重获自由，亲选墓地和手书墓碑一事便作罢。
按照太炎先生自己的意愿，他的墓地本选在青田刘伯温墓旁，为何《中央日报》上登载的国葬地点，却是杭州呢？原来，晚年太炎先生见抗战已兴，但未见到战争胜利，所以产生了死后傍葬抗清民族英雄张苍水墓侧之嘱，希望地下为邻，共迎胜利，于是章太炎又为自己选定了新墓址。
棺盖上为何覆盖被废"五色旗"
太炎先生病逝后，国民党也同意以国葬对待。但是治丧经费却拖延，迟迟不支付到位。当时章夫人打算选购一口楠木棺材，按市价一口楠木棺材至少要3000块，可是治丧费用里只有1000块可以购买棺材。这时恰好有个画家陶冷月前来吊唁，陶与太炎先生的挚友李根源关系很好，看到这种情况便提出，楠木棺材店老板是他的学生，自己和李根源一起出面找老板商量，应该可以解决。最后老板果然以999元的成本价出售，解决了难题。
在殡葬过程中，还发生了一件让所有人震惊又由衷敬佩的事。送葬进行到最后告别时，按照规矩，大殓时要在棺材里以绸布覆盖，并将绸子打结，以此作为"结彩"。按规定，绸子用一种颜色，结果章夫人买了五种颜色的绸子，并按照五色旗的顺序排列，覆盖在丈夫的遗体上。这让在场的所有人惊呆了。国葬不采用青天白日满地红旗，却采用被政府废止的五色旗，要是被政府知道了，别说国葬的礼遇没有了，可能还要因此获罪。
