1927年2月22、23日，蒋介石与共产国际代表维经斯基在九江进行了会谈，明确指出"近来鲍(罗廷)开始执行分裂国民革命运动的政策，这样的政策对于中国革命今后的命运非常危险。"他提出南昌中央随时可以迁往武汉，但有两个条件：其一，鲍罗廷辞职；其二，"必须在党内确立严格的纪律"。
在各方影响下，南昌方面于3月6日再次通过了中央党部与政府迁鄂的决议，而且据说蒋介石也表示"拥护"。经过陈公博等人的劝驾，滞留南昌的谭延闿、李烈钧等人于3月7日抵达汉口，正赶上二届三中全会预备会议，遂提议大会延至12日召开，以待蒋介石、朱培德到来。虽然吴玉章、于树德、毛泽东、恽代英、彭泽民等人强烈反对，但也有人站在蒋介石一边，例如李烈钧就因众人不同意延会，愤而退席。经过激烈讨论，武汉方面作了妥协，决议改为10日正式开会，以等蒋来。但是，蒋介石接到了陈铭枢、李烈钧关于武汉方面对他不利的政治和军事形势报告后，不仅未去武汉，而且与武汉方面的距离渐行渐远。
二届三中全会出席者"左派力量占压倒多数"。会议通过了一系列提高党权，限制个人权力过分膨胀的决议案。这些决议案突出了中央执行委员会的最高权力，在一定程度上消除了造成个人专权的制度因素。全会选举产生了新的中央领导机构，在各项选举中，汪精卫得票都是最多的，反映了与会者重新确立领导核心的意愿。相反，在中常委、政治委员会、军事委员会等机构中，虽然仍有蒋介石的名字(这在一定程度上显示与会者对蒋尚有较高的期望)，但他的权势"大被裁抑"，他以前在党、政、军、财各要政上的控制权，都被剥夺了，就连军事委员会他也不能完全驾驭了，他在新的中央机构中的实际地位大大下降了，仅成为国民党中央和国民政府众多委员中的一个。
蒋介石自然不甘心从权力的巅峰跌落下来，为此，他在与武汉方面对立的道路上越走越远。他开始不再掩饰自己反共的决心，而且愈来愈明确地以"反共"旗帜来积聚军事与政治势力。随着东南军事行动的胜利，蒋介石控制了中国的经济枢纽上海，奠定了此后对他政治生涯产生重要支撑作用的江南基本区域，遂开始加紧策划并实施他蓄谋已久的"清党"计划。当然，他的"清党"主意得到了陈果夫、吴稚晖、李石曾、蔡元培、张静江、古应芬、邵元冲等人的极力赞同和密切协作。在他们看来，这是"护党救国运动"。
