1925年夏至1927年秋，中共党组织先后派秦曼云等人前往苏联莫斯科"东方共产主义劳动大学"（简称东方大学）和莫斯科中山大学(微博)学习。莫斯科的这几所学校，是专门培养中国革命干部的最高学府。
1927年初，根据党组织的安排，秦曼云来到莫斯科中山大学，翌年6月与关向应结为夫妻。
关向应是中国革命第一代的著名领袖人物。1929年春，关、秦两人奉命回国。秦曼云先在团中央女工部工作，是年冬天，又随关向应赴中央军委秘书处担任机要 秘书一职。1930年8月，两人奉命由上海赴武汉，秦曼云在长江局秘书处工作，后因机关被敌人破坏而撤回上海，随即在中共上海中央执行局机关从事机要工 作。关向应则先后担任中共中央军委委员、常委、中央军事部副部长，以及中央政治局委员、长江局军委书记。这一期间，关向应在上海曾被英租界巡捕房逮捕。狱 中他坚贞不屈，因为没有暴露身份（化名"李世珍"），加上周恩来指示中央特科陈赓实施积极营救，租界当局最终以证据不足拒绝向国民党当局引渡，关向应有惊 无险地被释放。出狱后，关于1932年初奉命前往湘鄂西苏区，开始与贺龙共同战斗，从此带领红军转战南北，长达十数年。而秦曼云则由于自己的工作无人接 替，未能与关向应随行。也是这一别，两人从此分道扬镳，一个是大道，一个是歧途。
卿本佳人，奈何作贼
秦曼云从事革命事业的巅峰，是在莫斯科中共六大会议上。
1928年6月至7月，秦曼云作为指定及旁听代表参加了在莫斯科召开的中共第六次全国代表大会，当时她的代号是"74号"，其间她参与了大会组织委员会、苏维埃委员会和妇女委员会的工作，还参加了大会秘书处文书科的工作，并承担办壁报的任务。
上世纪30年代的上海，党的中央机关一直安置在租界中。国民党不断加强清洗和围剿，中共在上海的机关屡遭摧残和破坏。此时，秦曼云担任共产国际代表联络处主任兼上海中央执行局总会计，可谓重任在身。
