不久后，段祺瑞到军校视察，特意向学员们打听伙食问题，学员们普遍反映菜种单一，而且不新鲜，米也不好。段祺瑞气呼呼地来到伙房一看，果然如学员们所说，他立刻叫来军需主任，劈头就是一顿臭骂。军需主任哆哆嗦嗦，只是嗫嚅道："这不关我的事，这不关我的事……"再问他，他又说不知道，气得段祺瑞吼道："不知道是吧，那就给我拖出去打50军棍!"
这话果然见效，军需主任立刻口齿清晰地供出段祺瑞的侄子，并拿出账本给段祺瑞过目。段祺瑞早就对他侄子有所怀疑，如今人证物证俱在，立刻叫人把他侄子绑了来，"赏"了他100军棍。100军棍足以要人性命，幸亏执行人手下留情，这个侄子才保住性命，但也因此落下终身残疾。
打完侄子，段祺瑞又做出一项惊人之举，他不顾别人劝阻，主动走进禁闭室，不吃不喝地在里面待了整整两天，以惩罚自己任用私人。
一生清廉拒绝收礼
而段祺瑞本人也从不收礼。有一次，江苏督军齐燮元送给他一个精致的围屏，围屏上镶有各种宝石，五颜六色，光彩夺目，一看就知价值不菲。段家的人看了都爱不释手，甚至半夜里偷偷起来玩赏。可第二天早上，段祺瑞见到围屏，只是淡淡地扫了一眼，就叫人给齐燮元送回去了。
还有一次，张作霖给段祺瑞送来一些东北特产，并不是多么值钱的东西，但段祺瑞死活不肯收，最后在张作霖副官一再恳求下，才收下两条江鱼。唯独有一次冯玉祥送来一个大南瓜，段祺瑞非常喜欢，破例没有送回。逢年过节时，按照习俗，给段祺瑞送礼的人更是络绎不绝，但段祺瑞只是在每人的礼品中挑一样最不值钱的留下，其余的一概退回。
