在狱中，王荷波受尽酷刑，坚贞不屈，宁愿牺牲自己，也要保护组织。临刑前，他唯一的嘱托是，请求党组织对他的子女加强革命教育，千万别走和他相反的道路。 张作霖深恐政局不稳，迫不及待地签署了杀害王荷波的命令。1927年11月11日，军阀政府陆军军法裁判处的几辆刑车从南向北急驰而去。刑车刚到安定门外 箭楼就猛然煞住，王荷波从车上下来后，立即被杀害，时年45岁。
周恩来指示寻找遗骨
在长期的革命斗争中，王荷波和周恩来结下了深厚的革命友谊。在1927年3月上海工人第三次武装起义中，周恩来任军事总指挥，王荷波作为上海市总工会负责人之一，积极参与组织和领导了这次起义。
由于王荷波比周恩来大十几岁，又长着大胡子，周恩来就尊敬地称他为"大哥"。王荷波牺牲后，周恩来无限悲痛。但当时在白色恐怖之下，不可能很好地收殓和安 葬其遗体，这成为周恩来的一件憾事。北京解放不久，周恩来指示修建八宝山革命公墓的同时，指示北京市副市长吴晗组织力量寻找王荷波的遗体。
吴晗对此事抓得很紧，从中南海回到市政府后，他立即着手落实布置寻找烈土遗骨的事情，把这件事转交市政府薛子正秘书长负责。北京市公安局(微博)和民政局成立了一个由曹恩棠等人组成的专门小组，负责查找烈土遗骨掩埋的地点。
