敌人对王耀南怕得要死，还曾经在电台广播里造谣说，"皇军扫荡消灭了八路军三分区机关，活捉了司令员王耀南"。企图以此动摇游击队的抗日决心。结果被当地的老百姓当成了天大的笑话。
1947年11月22日，王耀南奉命前往运城前线，在朱德"勇敢加技术"的指示下，结合石门战役的经验，协助完成指挥攻克运城的任务。王耀南根据二攻运程 不克的教训提出了不能把工兵当敢死队用，应让工兵指导步兵学会土工作业和爆破，强调应克制旅、团指挥员急于进攻的急躁情绪，疏于工程保障的做法；提倡一线 部队多流汗，少流血。他完成了运城战役作战计划后报批徐向前等首长，军委复电同意。12月17日夜里，主力开进，扫清了外围障碍，25日总攻开始。敌守军 在飞机的掩护下拼死抵抗，胡宗南从南线排除援兵，大举渡过黄河，我军南部告急。王耀南适时地提出了派小部队嵌入护城壕挖短坑道，炸开城墙的险招。结果27 日爆破成功，28日运城解放。
1948年2月，徐向前到达翼城指挥临汾战役，王耀南汲取了运城之战的经验教训，根据临汾城墙坚厚、碉堡坚固的实际情况，建议加强部队训练。徐向前亲自召 开了营以上千人干部会议，号召大练兵。3月6日，徐向前命令发起临汾战役。敌机不断轰炸我军前沿阵地，临汾守敌工兵又挖了大量的坑道，防止我军攻城和挖坑 道破城。战役在空中、地面、地下展开。4月15日，临汾前线坑道挖掘工作全面展开，仅东城就开挖了15条作战坑道和60条掩护坑道。5月18日，历时72 天的临汾战役胜利结束。1948年6月1日，临汾战役胜利后的第13天，毛主席在《关于辽沈战役的电报》中高度评价了临汾战役："徐向前同志指挥之临汾战 役，我以9个旅（其中只有2个旅有攻城经验），攻敌2个正规旅及其他杂部共约2万人，费去72天时间，付出15000人的伤亡，终于攻克。我军9个旅（约 7万人）都取得攻坚城的经验，是一个很有意义的大胜利。临汾阵地是很坚固的，敌人非常顽强。敌我两军攻防之主要方法是地道斗争。我军用多数地道进攻，敌军 亦用多数地道破坏我之地道，双方都随时总结经验，结果我用地道下之地道获胜"。
