后来，高岗虽然官越当越大，掌握了边区党政大权，但军权却未到手。他虽然兼任陕甘宁边区保安司令部司令员、政治委员等职，但这只是千八百人的地方部队，当 时边区部队主要是八路军留守兵团，连毛泽东都说要靠留守兵团吃饭。因此，1939年秋当高岗见到中央军委任命肖劲光为留守兵团司令，政委职位空缺时，他就 一心想当留守兵团政委，并进行了一系列的活动。
高岗活动要来当留守兵团政委的事情，肖劲光也知道，但是高岗给他的印象并不好。据肖劲光自己回忆："实事求是地说，当时我对高岗的印象并不佳，感到这个人 政治水平低，眼界却很高，计较个人得失，品质也不好。"因此，肖劲光对高岗的要求持反对的态度，这可以从时任留守兵团政治部主任莫文骅的回忆中得到印证。 莫文骅说："一次肖劲光找我谈话说，留守兵团没有政委不行呵，最好请中央军委派一个来，实在派不出，能否在我们两个中出一个人来兼呢？"从中可以看出，肖劲光没有想让高岗来当政委。但最后由肖劲光兼政委则是由莫文骅提议的。莫回忆说："我并没和别人商量，以个人名义写了一个报告给毛主席和总政治部主任王稼祥同志，建议肖劲光兼政委，不到三天，毛主席下手令让肖劲光兼政委。"这样，高岗的希望就落空了。
在高岗看来，这次自己没有当成留守兵团政委而被肖劲光兼任，是肖劲光在背后使的坏。这便成了二人后来产生冲突的一个非常重要的原因。
