自从"中山舰事件"后，共产党员被迫退出第1军，结果本是精锐的第1军思想迅速下滑、军纪败坏，战斗力大不如前。蒋介石痛定思痛，颁布了严酷的《革命军连坐法》，整顿军纪。孙元良正好撞到枪口上，大家都以为他死定了。
很快，孙元良消失了。不料，1928年，孙元良突然重新出现在大家面前，气宇轩昂，面有得色。他不仅躲过此劫，而且还去日本陆军士官学校镀了一层金。归国后，即任国民政府警卫第1旅炮兵团团长。到了1931年，已升任警卫第1师第1旅旅长。
原来，在薛岳、刘峙等人的劝说下，怒气平息后的蒋介石考虑到黄埔一期生本来人数就有限，历次战斗中战死者、共产党拉去者甚众。如今在军中能挑大梁的人已是寥若晨星，弥足珍贵。于是，他法外施恩，网开一面，孙元良因祸得福。
1932年淞沪战役发生后，时任国民党军队第八师259旅少将旅长孙元良率军坚守上海宝山庙行镇11天，和友军一起夹击日军，让日军受到空前挫败。当时国际舆论评价此役为"国民党军第一次击败日军的战役"，孙元良因此役擢升为第88师师长。
