不久，"二次革命"迅速失败，大部分骨干亡命日本。孙中山在总结失败原因时，强调了革命党人的主观因素：一是不服从，二是不统一，尤其是"不肯服从一个领袖的命令"，着重提到了黄兴。在日本，黄兴去见孙中山，遭到痛骂。两人关系出现裂痕。之后，他们又在建党问题上意见相反，争论激烈。据说，当时二人感情激昂，"时声高惊四壁"。晚餐后又激烈争论，"深夜未尽，不欢而散"。而在此过程中，同为孙中山左膀右臂的辛亥革命早期革命家陈其美，毫无保留地站在孙中山一边，黄兴被孤立。1914年6月，黄兴致函孙中山，作最后"忠告"，孙中山则复函，劝其"静养两年"。1914年，黄兴离日旅居美国。袁世凯死后，他于1916年7月回到上海，同孙中山恢复了往日的亲密，但却于10月31日在上海病逝，享年42岁。
