1971年9·13事件以后，王秉璋被视为"上了林彪贼船"撤职，审查关押长达十年。1981年免于起诉获释。但直到2005年去世，他也没有得到一个政治结论。唯一让他感到宽慰的是，2000年出版的《中共党史人物传》里这样评价："王秉璋同志对巩固与扩大湖西抗日根据地，建设人民空军，特别是在我国导弹与航天事业的创建与发展方面建立了重大功绩。"
