显然，彭德怀对军事学院教学的评价基本上是持否定态度的。这一报告在中央军委由秘书长黄克诚组织讨论，训练总监部部长萧克参加了。萧克不同意报告的结论，认为把南京军事学院冠以"教条主义大本营"不合适。然而，萧克的意见不但没有起到一点拨正效果，还起到适得其反的作用，因为此时的训练总监部，在彭德怀眼里已是问题成堆，已经传出了一种论调，说"训练总监部是教条主义司令部"。彭德怀在一个公开场合曾一锤定音地说到过："教条主义的大本营就在南京军事学院，司令部就在训练总监部。"
萧克在获知这些情况后，对彭德怀这样表态很不赞同，联系到彭对南京军事学院的不恰当论估，就写了一封信与彭德怀交换意见。不料这封信成了他"向彭总进攻"的罪证，被说成"挑刺挑到国防部了，挑到彭总头上了"。
这时，刘伯承正在北戴河养病，但他敏感地意识到问题的严重性，于是三次写信给南京军事学院党委，观点鲜明地表示要重视反教条主义的思想检查。数月之后，刘伯承致信彭德怀和毛泽东，诚恳请求辞去南京军事学院的职务。不久，中央军委批准他的辞职，任命廖汉生中将接任院长，钟期光上将任政委。
刘伯承主动揽过，引咎自责的壮举，没能阻止反教条主义的深入发展。1958年5月22日，在北京召开了为期两个星期的军委扩大会议，中心议题就是反教条主义，会议点了刘伯承、肖克、粟裕等人的名字。6月9日，黄克诚来传达毛泽东的指示，说主席对会议的决心很大，开不好，大家就不要走，并决定扩大到师一级。6月20日，正式代表增加到1004人，另有列席代表438人的大会正式开始，会场移到中南海怀仁堂。彭德怀在会上作了中心讲话，提出反教条主义"是建军新阶段中两条军事路线的斗争"，给"教条主义者"扣上了"反对毛泽东同志的建军思想和战略方针"的帽子。
