在东京审判中，对中国法官来说，最困难的一件事就是取证，由于采用英美诉讼程序，没有充分的证据、证人、证言，就很难对战犯们定罪，为此中国代表团千方百计搜寻材料，废寝忘食，日夜奋战，查阅日本内阁、军部、外务省有关材料，其中包括御前会议、五相会议、关东军报告、汪伪和满洲国档案等等，中国主要负责审理的战犯是松井石根、土肥原贤二和板垣征四郎，他们都是屠杀中国人民罪恶累累的刽子手。松井石根是华中派遣军总司令、南京大屠杀惨案的制造者。为了制服他，检察官助手裘劭恒经法庭同意，带了两名美国人专程回国调查取证，取得了大量的人证物证，还带回了南京大屠杀中的幸存者伍长德和许传鲁，还有目击者金陵大学的美籍教授贝斯蒂、传教士史密斯、英国人罗伦斯、牧师约·梅奇等人，向法庭提供了确切无疑的证词。中国法官还找到一件德国驻南京大使馆发给德国外交部关于日军侵占南京时施暴的一份秘密电报。这份报告真实描述了日军在南京杀人放火、强奸抢劫的情况。电报结尾说："犯罪的不是这个日本人，或者那个日本人，而是整个日本皇军--它是一部正在开动的野兽的机器。"纳粹德国提供的材料是非常有用的证据。因为日本的盟国提供的材料更有说服力，那些受害者与目击者真实确切的血泪控诉，引起了法官们的极大重视，终于使当年耀武扬威的松井石根在法庭上惊慌失色，被法庭宪兵拖出法庭。
经过中国代表团的努力，传唤出庭作证的证人约有100多名。这些证人中，给人印象最深的有三人，除秦德纯外，还有溥仪，当向哲濬陪同季南去看望溥仪时，溥仪紧紧握着向检察官的手，失声痛哭，看到溥仪有悔罪之心，便动员他出庭作证。出庭那一天，溥仪身穿一套蓝色西装，戴一条浓茶色领带，立即引起了全场的注意。溥仪激动地控诉了日本侵略东北，板垣征四郎派人威胁他在东北成立伪满洲国，毒死他的妻子谭玉玲，以及土肥原贤二挟持他离开天津到伪满洲国当皇帝等罪行。
另一个印象最深的证人是伍长德，他出庭控诉说，在日军南京大屠杀的血腥日子里，他被日军押送到汉中门，当时有2000多人，大多是精壮男子，被分批带到城外，用机枪射杀，伍被押到尸体堆旁边扑倒在地，免除枪击，但他还是挨了一刺刀，因为日军在尸堆中乱刺那些尚未断气的人，伍的证词使在场的人听了毛骨悚然。中方的举证对后来的宣判起到了重要作用。
