趁着"巴壁虎"一打盹的光景，杨永泰把四川省地方官员的后备队伍抓到了手中。
随后，杨永泰借川北驻军田颂尧与红军作战失败之际，"杀鸡儆猴"，将他撤职查办，树立了蒋委员长的权威。1935年夏，驻川参谋团改为重庆行营，蒋介石任行营主任，杨永泰为秘书长兼第二厅厅长，管理政治、法规大事。面对这样一招"换汤换药"之计，刘湘急得团团转却毫无办法。
杨永泰向蒋介石建议，仿照办庐山军官训练团的办法，整训川军军官，以便控制川军。1935年7月，蒋介石在四川峨眉山开办军官训练团，自任团长，并调心腹干将陈诚任副团长，分批训练川军营以上军官。杨永泰经常到训练团讲话，对川军进行拉拢分化。训练团刚结束，一些川军将领便倒向蒋介石一边。杨永泰眼见蒋介石的势力已经在四川扎了根，便建议蒋介石派军政部部长何应钦到重庆召开"川康整编会议"，逼迫川军撤防裁兵，实现川军国家化，川政中央化。
至此，刘湘追悔莫及。抗战爆发后，蒋介石调刘湘率川军东下作战，刘湘则与韩复榘合谋倒蒋。事情败露，蒋介石一通训斥，"巴壁虎"口吐鲜血，命丧黄泉。
蒋介石在杨永泰的谋划下，最终将四川牢牢控制在自己手中。
【政学系与CC系大斗法】
在国民党内，杨永泰以政学系首脑著称。当时，人们将张群、黄郛、杨永泰、吴铁城、熊式辉、王世杰、吴鼎昌、张嘉璈、翁文灏等人称为新政学系。与国民党的CC系、黄埔系等不同，这些人并没有一定的组织，也没有政纲，只是松散的联盟。他们对蒋介石忠心耿耿，且大多学有所长，精于政务，才华出众，足智多谋，深为蒋介石器重。
作为蒋介石最宠信的幕僚，杨永泰有着很大的权力。所有国民党重要军政文电，都须经杨永泰先行过目，然后才能呈蒋；许多军政要人来见蒋介石，也须经杨永泰安排。
杨永泰这种权倾一时的地位，自然引起国民党内其他派系和权贵的嫉恨，尤其是陈果夫和陈立夫为首的CC系。
1933年1月，陈立夫、陈果夫等人谈起政学系的"暴发户"："蒋委员长怎么看上这位首鼠两端的杨永泰。杨永泰有何能力，还不就是会投机吗？"
1934年6月，南昌机场发生大火，蒋介石刚从意大利购买的霞飞式轰炸机被烧毁10多架。蒋大为震怒，命令行营调查科科长邓文仪负责调查。邓文仪接受了CC派的10万美金贿赂，于调查后宣布大火为意外事故。
杨永泰对这个结论十分怀疑，当即请示蒋介石，与戴笠联合再度进行秘密侦破。结果真相大白，这乃是一场重大纵火案，主犯为航空署长徐培根。徐盗用公款套购黄金，亏空无法弥补，遂放火烧毁库房以销毁帐目。不料天气炎热，大火失控，致使飞机被烧。蒋介石听了杨永泰的报告，下令将徐培根枪毙，免去邓文仪的职务。
杨永泰的这一做法极大地触动了CC系的利益。CC系于是纠集所有不满杨永泰的势力，群起而攻之。
从1928年起，国民党党务大权便集中在二陈为首的CC系手中，形成了"蒋家天下陈家党"的格局。随着国民党内各反蒋势力的荡平，蒋介石越来越无法容忍二陈把持党务的现状，力谋削弱CC系的权力。
在第五次"围剿"中，杨永泰向蒋介石提出了集中党、政、军力量于"剿匪总部"的建议，蒋认为这是削弱CC系的好机会，便接受了杨永泰的建议，把豫、皖、鄂、赣四省国民党组织变更，省市党部设主任委员，由当地军政大员兼任。
杨永泰的这一招，把原来的省党部执行委员和监察委员一起打入了冷宫。各县设书记长，又把原执行委员和监察委员一起"送客"。不论省或县都由书记长负全责，工作报告直接上呈"剿共总部"党政处。这样一来，湖北、河南、安徽、江西四省国民党省、市组织由CC系手中转到政学系手中，CC系的政治地位一落千丈，成为当地军政首脑的附庸。
CC派遭此打击，当时却敢怒不敢言。因为杨永泰这一辣招是以蒋介石名义去办的，并已由国民党中常会追认为合法。
陈果夫出任江苏省政府主席时，民政厅厅长一职陈决定派自己的心腹余井塘担任，可没想到名单报到蒋介石手上后，杨永泰在蒋介石身边轻描淡写地说了一句："这不成了CC的王国？"蒋本来就不满江苏省政府CC色彩太浓，听了杨的话后更加生气，决定"留中不发"。
这可急坏了陈果夫。他素知蒋的习性，只要"留中不发"，一定是表明他持有不同的意见。他赶忙电呈蒋介石："如有更适当胜任者，请钧座直接指定。"
本来这是陈果夫作的一个姿态，可没想到正中杨永泰的圈套。杨永泰向蒋推荐自己的心腹辜仁发替换余井塘。蒋遂即电告陈，一切照准，唯民政厅厅长改由辜仁发担任。
陈果夫收到电报，顿时傻了眼：一省中除省主席和秘书长外最重要的民政厅厅长一职，转眼落入了杨永泰手中！
陈果夫大失颜面，恨得咬牙切齿。他提出要"清君侧"，下决心整垮杨永泰。
