1949年10月，李实出任湖北省教育厅长，他在工作中的务实风格受到上级好评。1952年11月，李实调至教育部，任高等师范教育司副司长，后任司长。
事业在稳步发展，厄运也悄然降临。
1956年至1957年8月，教育部开始审查李实所谓的历史问题。结论出来后，时任中央文教小组副组长的康生大为不满，认定李实曾经叛变。在康生的重压下，1958年12月15日，教育部党组给李实定下"叛徒"的结论。为党的事业奋斗一生的李实被开除党籍，撤销行政职务，工资由9级降为15级。
