毛新宇开始认真考虑母亲的建议。1992年9月，他考取了中央党校硕士研究生，开始研究党史和毛泽东思想。2000年9月，毛新宇师从解放军军事科学院历史研究部研究员刘国语将军，攻读博士学位，研究方向为毛泽东军事思想。与此同时，毛新宇加入解放军。毛新宇在读博期间完成了论文《毛泽东战略进攻思想研究》，获得了当年全国百篇优秀博士论文奖。
毛新宇提及爷爷总是面露敬仰神情。"毛泽东的后代不好当，我感觉到包括我的朋友，军队的同事，大家都是这种心情，所有的人把对毛主席的敬仰和热爱都转移到我身上，所以我的压力太大，责任太重。"
