此后，傅连暲先后任延安中央总卫生处处长兼中央医院院长、中共中央革命军事委员会总卫生部副部长。新中国成立后任中国人民解放军总后勤部卫生部第一副部长、中央人民政府卫生部副部长。
毛泽东对林彪的病情是重视的，他特意派了自己最信得过的人来给林彪会诊。
当傅连暲兴冲冲地把这一好消息告诉叶群时，她的反应不是高兴而是有些惊慌。然后才镇静下来说，感谢毛主席的关心，不过林彪怕麻烦，是不是就不用会诊检查了，请傅连暲帮忙写个证明，说明林彪有病就行了。"都是老相识了，这个忙总可以帮的吧!"
