有了军队驻扎，苏联开始操控外蒙古的一切。1937年，在苏联专家的指导和3万苏联红军的监督下，外蒙古开始肃反运动。运动波及各个阶层，高级官员和普通牧民都不能幸免，那些心向中国、反对独立的外蒙古人士几乎被清洗殆尽。1941年4月13日，苏联同正在侵华的日本签订《苏日中立条约》，"苏联保证尊重满洲国的领土完整和不可侵犯，日本保证尊重蒙古人民共和国的领土完整和不可侵犯"。外蒙古实际上沦为苏联卫星国，但这种状况一直没有得到中国政府的承认。
雅尔塔会议上，美国人的提议正中斯大林下怀。斯大林罗列了出兵中国东北的条件，第一条就是维持外蒙古的现状，即中国承认外蒙古独立。1945年2月11日，《雅尔塔协定》就这么签订了。
