蒋经国任"总统"后，也按时主祭。1982年春祭，蒋经国在走进忠烈祠时，身体突然有些摇晃。当侍从人员将他搀扶到祭堂主祭位置时，蒋经国已无力拿起花圈，向烈士鞠躬。这一幕通过电视，被台湾人看到，引起诸多猜测。
1958年9月3日，蒋介石在主持秋祭国殇典礼后，慰问烈士遗族
民进党刻意淡化对忠烈祠烈士的拜祭，压低抗战纪念活动的规格
为强化台湾主体性，从李登辉任"总统"开始，执政者刻意淡化抗战等与大陆相关的历史。1995年，抗战胜利五十周年时，李登辉几乎没有出席任何纪念活动。在李登辉看来，日本殖民期间，为台湾建设做出了很大贡献。
