对于俘虏，第十六师团师团长中岛今朝吾在其日记中记述说："基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针"
1937年12月10日，日军向南京城发起总攻击，第十六师团的主攻方向为中山门。要占领中山门，必须先占领中山门外的制高点紫金山。12日，第十六师团步兵第三十三联队在重炮的掩护下，向紫金山顶峰发起攻击，战斗异常激烈，紫金山上一片火海。经过激烈的战斗，日军在付出沉重代价后占领了紫金山主峰。
1937年12月13日凌晨，第十六师团步兵第二十联队占领了中山门。当天，该师团第三十三联队和第三十八联队在轻型装甲车的配合下，从太平门外沿玄武湖急进至南京城北的下关江边，以截断中国军队的退路。下午，当第三十三、第三十八联队进至下关时，长江边有大批准备渡江的中国军人，江面上也有许多正在渡江的中国军人。日军立即用机枪进行猛烈扫射，一时间江水被染得殷红。在长江边等待渡江的中国军人有些返回南京城内，避入安全区，有些被日军射杀或俘获。接着，日军在长江边将俘获的中国军人加以集体屠杀。
