陈赞贤被害的消息传来，江西和各省共产党和工会极为愤慨，纷纷开会通电，要求严惩凶手。在强大的政治压力下，倪弼逃离部队，躲藏起来。蒋介石也被迫宣布将倪撤职，以平息民愤。郭沫若写了《请看今日之蒋介石》，揭露蒋假革命、真反共的实质。通过赣州事件和相继发生的一系列冲突斗争，蒋意识到共产党力量的强大，他的反共决心已下，只是等待适当的时机了。
其实，蒋介石先于共产党懂得"枪杆子里出政权"的道理。他在国民党内不是元老级人物，凭借北伐军总司令的职务，一跃成为国民党内最强大的实力派。他的革命理念与共产党完全不同，所以他对共产党在国民党内力量的日益强大深感不安。在北伐开始之前，他就在广州借"中山舰事件"驱逐共产党。
蒋在北伐军中进行大清洗，将共产党员干部统统驱逐。周恩来等人此时被迫离开了黄埔军校。在蒋的压力下，苏联顾问鲍罗廷软了，同意国民党中央通过《整理党务案》，规定："共产党应将国民党内之共产党员全部名册，交国民党中央执行委员会主席保管。""中央党部各部长须不跨党者方得充任。"
共产党吃了大亏，但仍委曲求全。因为蒋毕竟还不是国民党最高领袖，而国民党主席汪精卫号称左派，与共产党关系尚好。1927年3月，北伐军到达上海前夕，共产党配合北伐，发动第三次工人武装起义，不料此举成为蒋介石等决心清党的借口。
国民党右派认为，共产党在上海组织的暴动和选举，是要夺取上海的领导权。上海是经济中心，国民党建立政权的基础，也是西方列强的利益所在，岂容共产党掌控！国民党中一些重要人物开始密谋，起关键作用的是国民党元老吴稚晖和蔡元培。
吴稚晖从思想上反对共产主义，对共产党力量的迅速崛起非常担心。3月6日，他在钮永健陪同下会见陈独秀。据其自述称："本委员于本年三月六日晚间八时，偕同钮委员晤见中国共产党首领陈独秀、中国共产党上海首领罗亦农；于上海环龙路二十六号钮委员办公处，谈话甚多。本委员告陈首领，'研究共产学说，自为共产党之责，若实行共产，五六年前苏俄代表越飞，在广州语孙总理，当在二百年之后。以我理想，二百年尚嫌不足。'陈首领笑我太迂，我言：'急切轻挂招牌止是鼎。'陈说：'你更疯癫，请问中国现在的共和，不是伪的么？但你以为康有为之复辟，与伪共和孰优？'本委员遂知中国共产党欲实行伪共产，意在言外，因突然根问陈首领：'你定中国实行列宁式共产主义是若干年？'彼不迟疑而答曰：'二十年。'余作骇极之情状。时罗首领似怪陈首领直率，合座默然。本委员即乱以闲话曰：'如此国民党生命止剩十九年了。前年总理答越飞，国民党国民革命完成应需三十年。若你们共产党急迫至此，未免取得国民党的生命太快了一点，应当通融商量才好！'因其强笑而罢。"
3月26日，蒋介石到达上海。28日，国民党中央监察委员蔡元培、吴稚晖、李煜瀛(李石曾)等5人聚会，由蔡元培主持。吴稚晖报告了陈独秀与他的谈话经过，提议对共产党"应行纠察"。蔡元培表示同意，主张"取消共产党人在国民党党籍"。达成共识后，4月2日，国民党中央监察委员会举行正式会议，将有关文件送国民党中央执行委员会，但不让其中有共产党员身份的委员知晓。
