如此这般，郭潜还是不放心，生怕别的特务机关抢在他前边破案，于是就使了点手段，在各特务机关共同参加的联合小组会议上，故意放出假消息，说中共组织在某某地方活动，误导了其他机构对中共组织的侦查方向，从而使全部线索都掌握在他的手中。经过这一番精心策划，1952年4月，郭潜指挥特务一举破获了在台湾的地下党组织，此案被称为"重整后的台湾省工作委员会案"，是调查局在台湾破获的最大一起中共地下党组织案件，郭潜也因此案的破获而得到蒋介石父子的青睐。
1958年4月，郭潜升任调查局副局长。从此，他真正进入了特务机关的最高层，而以中共叛徒身份成为特务机关的首脑，这在国民党特务机关的历史上，是空前绝后的。
