"棒棒炮"作为我军战士自己动手制作的武器，由于材料、工艺等种种原因，有很多缺点也是相当严重的。首先是射程、射速和精度不足。"棒棒炮"的射程远低于迫击炮弹的射程。较短的射程只能对敌前沿的火力点、障碍物和浅纵深的目标构成威胁。对敌据守较大阵地的纵深目标仍需使用其他火炮予以攻击。"棒棒炮"的射速很低，与追击炮15～30发/分的射速相去甚远。因此，一般都会若干具集中使用，以提高火力密度，"棒棒炮"使用的炸药杆气动力外形不佳，而且重量差异较大，事先不可能准确称重量，精度难以令人满意。一般情况下只能用于攻击面目标，利用强大的爆炸威力来破坏目标，在抵近情况下才可攻击较大的点目标。
其次，"棒棒炮"由于是部队自行制作，质量参差不齐，安全性较差，发生过多次炸膛事故。如时任华野特种兵纵队参谋长、我军历史上第一位工兵团长韩连生在特纵工兵团指导试验时发生爆炸，韩连生、工兵团副团长刘金山等8人牺牲;还出现过炸药杆导火索点燃后迫击炮不能击发，炮班班长急忙去剪导火索，迫击炮又突然被拉响，结果班长睑部在炸药杆射出时被烧坏的事例。
