服软的日本掀起造舰高潮
事件发生后，北洋水师群情激奋。有记载说，"定远"、"镇远"、"济远"、"威远"四舰迅速进入临战状态，褪去炮衣，将炮口对准了长崎市区。总教习琅威理甚至主张对日开战："即日行动，置日本海军于不振之地。"当时日本海军才刚刚起步，绝非中国海军的对手。不过，丁汝昌却没有"将在外君命有所不受"的冒险精神，下令不准动手，丧失了把日本海军"扼杀在摇篮中"的机会。李鸿章在得知"长崎事件"后，随即愤怒地召见了日本驻天津领事波多野，不无威胁地说："如今开启战端，并非难事。我兵船泊于贵国，舰体、枪炮坚不可摧，随时可以投入战斗"。"定远"、"镇远"属同级舰，由德国伏尔铿造船厂制造，在西方又被称为"萨克森"改进型铁甲舰，排水量7000吨。在当时海军中的地位类似今人眼中的航空母舰，堪称"亚洲第一巨舰"。
在李鸿章高级幕僚、法学家伍廷芳的策划下，驻日公使徐承祖依照国际法就事件同日本政府交涉，双方各花重金聘请欧美律师进行辩护，但日方强词夺理拒不认错，并拖延再三，希望不了了之。忍无可忍的徐承祖11月24日致电李鸿章，要求断交撤使。此时中法战争刚刚结束不久，清廷自然不愿再度卷入战争的漩涡，故而断绝邦交方案未能实施。李鸿章决定"停审"，照会日本政府--此前审理全部作废，所有该案卷宗抄送北京，做出一种中国准备单方面处理此事的强硬姿态。
李鸿章的这一招起到了敲山震虎的效应，日本外相井上馨多次要求和徐承祖续谈，均遭拒绝。1887年1月28日，日本政府突然宣布接受德国驻日公使何理本的"伤多恤重"的原则，了结"长崎事件"。2月，双方签订协议，就各自的死伤者互给抚恤，日本赔付中国52500元，中国赔付日本15500元，长崎医院的医疗救护费2700元由日方支付。
