其实，早在此案发生前的当年七月，宋神宗曾颁布诏令说凡是谋杀被害人致其受伤，司法官经审问，将要纠举时，罪犯自首，依照谋杀罪减刑二等论处。审刑院、大理寺判阿云死罪，并以违反服丧期间不得婚嫁的律文为由奏报皇帝裁决，皇帝在承认此判决的基础上赦免了阿云死罪。
没过多久，朝廷大赦天下，阿云被释放回家。回家后的阿云又重新嫁人生子，案子似乎真的结束了。
宋神宗元丰八年 （公元1085年），67岁的北宋名臣司马光终于当上了宰相。司马宰相上台后，又将这一起陈年老案翻了出来，重新进行审理，审理的结果是，将案中原来已经释放回家的一名乡下女子改判死刑，并立即斩首示众。
此时距案件发生的时间已经过去了整整17年。身为宰相的司马光与这名乡下女子有何仇怨，为何已经过去了将近20年，还一定要置她于死地呢？
其实问题并不在案件本身，这还是一个派系党争的问题，其中关键的原因乃是皇帝、群臣对于此案中的一个重要环节--自首，如何认定而应起的广泛争议。该争议绵延两朝，史所罕有。但进一步思考，从"阿云之狱"涉及的皇帝、群臣的轮番论辩中，我们正还可以隐约窥得北宋一朝由王安石变法而引发的愈演愈烈的党争。大臣党争，历代不绝。虽然孔子曾经说过君子群而不党，但君子结党自汉以来已经屡见不鲜（如东汉党锢之祸）。
