修颐和园占用海军经费，在一些历史研究者看来也是不成立的。慈禧修颐和园的经费名义上挪用北洋海军的军费，但实际上却是各地督抚孝敬的钱，只是挂靠在海军军费的名义下。1888年秋，醇亲王通过李鸿章，向一些沿江海省份的总督、巡抚授意，要为孝敬老佛爷修颐和园。但顾及自身形象，当年的执政者也觉得这事不光彩，醇亲王于是就想出以海军的名义筹款，最后共集260万两白银。这260万两，除一部分用于修建颐和园，剩下的都投入到铁路建设。由此看来，修颐和园的钱和海军经费没有半点关系，这份钱原来也不属于海军。不仅如此，战争开打后，慈禧太后还从私房钱里拿出了300万两贴补海军。
虽然修颐和园没影响海军经费，但海军经费短缺却是不争的事实。虽然清日两国海军在建设方面投入不分伯仲，但在战争前夕，投入却有很大差距。日本政府的财政支出中，在甲午开战前，军费支出已经占年度财政总支出接近30%。大清当时的财政收入与日本差不多，但军费支出却只有1.6%左右，海军每年实际经费只有100余万两，仅能满足基本开销。甚至战争即将爆发之际,李鸿章请求户部拨款二、三百万两以作战费，结果竟然只取出来18万两。战争爆发后，清政府更是手忙脚乱，关键时刻应变不力，这是铁定了的。
