1903年，荣禄病死，袁世凯得知奕劻将到军机处任职，立即派亲信杨士琦给奕劻送去1张10万两的银票。奕劻假意推辞。杨士琦说："宫保知道王爷不久必入军机。在军机处办事的人，每天都得进宫伺候老佛爷，而老佛爷左右，许多太监们一定向王爷道喜讨赏，这一笔费用也就可观。所以这些钱不过作为王爷到任时零用而已，以后还得特别报效。"听了这番话，奕劻欣然收下了银票。
奕劻果然如袁世凯所愿，入军机处任领班军机大臣，旋又管理财政处、练兵处事务，集内外大权于一身。
奕劻做事，善于猜测慈禧风向，"荣辱忽焉，皆在圣意"，慈禧对其很信任。与八国联军打过一仗之后，慈禧有些心灰意冷，日常政事由奕劻主持。而奕劻则视袁世凯为最可信赖的人，时常向他问计。奕劻、袁世凯两人的势力迅速膨胀，投靠奕劻父子、袁世凯门下成了不少人升官发财的捷径。
