突如其来的自然灾害使得蒙古人取胜的希望彻底化为泡影。8月15日和16日，发生在东亚的典型仲夏台风袭击了九州沿岸。高丽水手觉察到风暴即将来临，于是试图把船开往公海躲避危险，但他们的努力失败了。四万名北方战士中三分之一被狂风消灭了，而十万名南方部队在试图逃脱时更有一大半葬身大海。被困在九州岛的战士或被屠杀，或被俘虏，或在企图借助留在岸边的小船逃跑时被淹死。
对日本人来说，这次台风绝不是一次意外事件。这是从神那里刮来的保护日本的神风，因为他们的土地是受神保护的。这次蒙古人入侵的失败使得自我膨胀的日本种族中心主义观点一度甚嚣尘上。对日本人来说，这次台风说明，神决不会允许敌人征服和占领他们的疆土。而对于蒙古人和忽必烈汗来说，这次失败则是毁灭性的。忽必烈一生中还从未遭受过如此惨重的损失。
忽必烈并没有汲取教训。相反，他被这奇耻大辱激怒了，并顽固地坚持继续进行第三次征服日本人的计划。1283年，他下令商人在中国南方为再次远征建造战船。1285年，他招募女真人为这次战役建造二百艘战舰。同年晚些时候，忽必烈要求高丽人为这次进攻提供大量大米。但是，当他刚刚开始索要补给品和战船的时候便遇到了反对。1283年，中国南方的商人抗议为这次远征必须建造五百艘战船的沉重负担。1285年和1286年初，忽必烈收到了他的幕僚的几个报告，都是劝阻他再次进攻日本的。1286年，面对巨大的反对声浪，他表示让步，因此，计划中的这次战役被迫中止了。
